Née à Kyoto, Kei Koito commence le piano à six ans, puis étudie le violoncelle, le chant et le clavecin. Elle se consacre enfin à l'orgue dès 12 ans et étudie le roi des instruments, ainsi que la théorie, la musique de chambre, la philosophie et l’esthétique musicale, à l’Université des arts à Tokyo (Tokyô Geijutsu Daigaku), où elle obtient un Bachelor of Fine Arts. Elle poursuit ses études au Conservatoire de Genève où elle travaille l’orgue avec Pierre Segond et, elle finit ses études (orgue, improvisation et basse continue) avec un premier prix de virtuosité d'orgue avec distinction, à l’unanimité des membres du jury. Ensuite, elle travaille l’orchestration, l’analyse et la composition avec Eric Gaudibert (compositeur). Parallèlement, elle travaille l'orgue (musique romantique, symphonique et contemporaine) avec Xavier Darasse à Toulouse, et la musique ancienne avec Luigi Ferdinando Tagliavini (organiste, claveciniste et musicologue) à Fribourg (Suisse), et la musique baroque avec Reinhard Goebel (violoniste et chef d’orchestre) à Cologne.

Dès 1980, la recherche dans le domaine de la musique ancienne devient l’un des pôles majeurs de son répertoire. Elle enregistre de nombreux CDs sur des orgues historiques pour Harmonic Records, Tempéraments/Radio France, Claves Records, Deutsche Harmonia Mundi/Sony Music.
En 1994, Kei Koito reçoit le prix de la Fondation Pro Arte de l’Office suisse de la culture, en 2010, le prix culturel vaudois et, en 2014, le prix culturel Leenaards.

Régulièrement invitée comme soliste par les plus prestigieux festivals et salles de concerts à travers l'Europe, l'Amérique, la Russie et l'Asie, Kei Koito a également collaboré avec Musica Antiqua Köln (dir. Reinhard Goebel) et avec l’Ensemble Gilles Binchois (dir. Dominique Vellard). Elle est en outre appréciée comme membre du jury dans différents concours internationaux d’orgue, et donne des séminaires et master classes portant sur l’interprétation des œuvres des répertoires du XVIe au XVIIIe siècles, notamment de J.S. Bach. Durant de nombreuses années, Kei Koito enseigne à la Haute école de musique de Lausanne. En 1997, elle fonde le Festival Bach de Lausanne et le Grand Prix Bach de Lausanne/International organ competition. Depuis 2012, elle s’adonne à des recherches comparatives sur le répertoire de Bach, de ses prédécesseurs, de ses précurseurs et de ses contemporains.

Sites et références mentionnés: L'Hebdo, 2001/11/08; L'Hebdo, 2004/11/04; L'Hebdo, 1997/10/23; 24 Heures, 2002/09/05, p.18; 24 Heures, 2008/03/13 p.36; 24 Heures, 2005/11/21, p.9; 24 Heures, 2010/09/25, p.10; 24 Heures, 2011/11/03, p.31; Le Temps, 1999/10/29; Le Temps, 1998/10/29; [BCUL/MU/bru/2012/09/28]
Portrait de Kei Koito, organiste et fondatrice du Festival Bach de Lausanne Date: 10.11.2005Int./Part.: Sykes, Julian; Barrelet, Alexandre; Koïto, Kei Emission : Dare-Dare Minutage: 0:52:04
Hommage à Shura Cherkassky et interviews de Kei Koito, organiste, Andrew Litton, chef d'orchestre et Jean-François Vaucher, organiste Date: 08.01.1996 Int./Part.: Hudry, François; Koito, Kei; Vaucher, Jean-François; Litton, Andrew; Gorjat, Pierre Emission : Carnet de notes Minutage: 0:53:30
Honegger: Pastorale d'été. Poulenc: Concerto pour orgue, cordes et timbales, en sol mineur. Kei Koito (orgue), Orchestre de la Suisse Romande, Philippe Auguin Date: 25.01.1991: Minutage: 0:37:26