Originaire de Ballaigues et de Lignerolle, Paul(-Louis) Maillefer naît le 14 octobre 1862 à Ballaigues. C'est dans les écoles du Val-de-Travers, où il rejoint sa mère vers sa dixième année, qu'il continue sa scolarité, primaire à Buttes, secondaire à Fleurier. Il fréquente ensuite l'école normale évangélique de Peseux, où il obtient un brevet d'enseignement primaire. Entré dans le monde du travail à l'âge de 18 ans, il est nommé au collège de Couvet, d'où il est renvoyé deux ans plus tard. Paul Maillefer s'installe à Lausanne en 1884 où, après avoir passé son baccalauréat, il obtient sa licence ès lettres en 1889 grâce à la publication d'une dissertation en littérature consacrée aux élégiaques latins. Dès son arrivée à l'Université, Paul Maillefer adhère à la société de Zofingue, par le biais de laquelle il noue des liens importants avec les fils de l'élite culturelle, politique et économique du pays. Il se lance dans la rédaction d'une thèse de doctorat consacrée à l'impact de la Révolution française sur la chute du régime bernois.

La genèse de la Revue historique vaudoise, fondée par Paul Maillefer en 1893, est intimement liée à cette thèse doctorale publiée en 1892. Elu en 1893 au Conseil communal de Lausanne et en 1894 à la Municipalité, Paul Maillefer participe en première ligne aux mutations importantes que connaît la capitale. Il reprend le dicastère des écoles, dont il démissionne en 1899. Il part alors enseigner l'histoire à l'Ecole normale, ce qui l'oblige à abandonner son mandat au Grand Conseil, où il était entré en 1897. Il reste cependant conseiller communal et est nommé professeur extraordinaire d'histoire suisse à l'Université. Appelé à rédiger une "Histoire du canton de Vaud" dans le cadre des célébrations du Bicentenaire, il devient un historien reconnu qui composera ensuite plusieurs manuels scolaires. En 1902, Paul Maillefer fonde avec Eugène Mottaz la Société vaudoise d'histoire et d'archéologie.
Après dix ans d'absence de la scène politique, Paul Maillefer retrouve en 1909 sa place au sein de l'exécutif lausannois; il est syndic en 1910, élu au Conseil national en 1911; il succède en 1912 au Grand Conseil à Ernest Chuard. Pour avoir défendu trop énergiquement les intérêts de la Suisse romande durant la Première Guerre mondiale, il se voit barrer l'accès au Conseil fédéral en 1919. Maillefer démissionne de son poste de syndic en 1921 et reprend la présidence du parti radical vaudois dès 1924, puis la présidence du Conseil national en 1927. En 1928, il refuse d'être porté candidat au conseil fédéral et laisse la place à Pilet-Golaz.

Paul Maillefer meurt le 9 janvier 1929 à Lausanne.

Patrick de Leonardis, Paul Maillefer, fondateur de la Revue historique vaudoise et politicien controversé, une approche bio-historiographique In: Revue historique vaudoise. - Lausanne. - 1993, p. 11-58; Olivier Robert, Francesco Panese, Dictionnaire des professeurs de l'Université de Lausanne dès 1890, Lausanne, 2000, p. 783-784; Pierre-André Bovard, La vie tumultueuse de Paul Maillefer, 1862-1929 Communication citée dans: Revue historique vaudoise. - Lausanne. - 1984, p. 257[BCU07/Doc.vaudoise/bs/2016/07]

Voir les coupures de presse concernant Paul Maillefer dans les Archives du Temps.