Le Musée de zoologie est créé en 1818 à l'instigation de Daniel-Alexandre Chavannes et Charles Lardy. Il est installé dans deux salles du Musée de l’ancienne académie. Entre 1906 et 1909, il déménage au Palais de Rumine. Depuis cette date, les structures et les outils du Musée ont bien entendu évolués mais la présentation du monde animal est restée pratiquement la même, offrant aux visiteurs une ambiance délicieusement désuète pour les plus nostalgiques, voire carrément démodée pour les plus progressistes. En 1997, le corps central du Palais de Rumine est rénové et l’Espace Arlaud, qui offre un espace complémentaire aux expositions des musées du Palais de Rumine, est inauguré ainsi que le Dépôt et abri des biens culturels à Lucens. En 1999, le Musée ouvre un Département de cryptozoologie "Bernard Heuvelmans". Depuis 1999, Michel Sartori est le directeur du Musée de zoologie.