Jean-François Vaucher naît à Berne le 8 septembre 1946. Il commence à l'âge de onze ans l'étude du piano auprès de François Riat. En 1962, sa famille s'installe à Vevey. Jean-François Vaucher poursuit alors l'étude du piano auprès de la pianiste suédoise Inger Wikström (elle-même élève d'Arthur Rubinstein) et commence l'orgue à l'âge de quinze ans, auprès de François Demierre (disciple de Louis Vierne) à Vevey. Il entre ensuite en classe professionnelle au Conservatoire de Genève en 1970, dans la classe de Pierre Segond, élève de Marcel Dupré. Diplômé à l'issue d'une formation classique complète (histoire, harmonie, fugue, contrepoint, improvisation, styles et formes...) entre 1972 et 1975, il reçoit en 1975 un premier prix de Virtuosité et est finaliste de concours internationaux comme Arnhem en Hollande et Boëlmann-Gigout à Strasbourg (improvisation). Il poursuit sa formation auprès de Luigi Ferdinando Tagliavini, Xavier Darasse, Bernard Lagacé et Jean Guillou. Il rencontre également à Paris Maurice et Marie-Madeleine Duruflé lors d'un entretien concernant l’œuvre entier du compositeur.

En 1971, il est nommé organiste titulaire du temple des Eaux-Vives de Genève et, en 1972, professeur à l'Académie d'orgue de Saint Dié des Vosges, la plus ancienne académie d'orgue de France. Il y enseigne un an sur deux jusqu'en 1988. En 1975, il est nommé sur concours organiste titulaire des grandes orgues de l'église Saint-François à Lausanne, succédant à Georges Cramer. Parallèlement à son activité de concert, il entreprend en 1979 des études de médecine, dans la perspective de pratiquer la chirurgie. Mais sa nomination professeur des classes supérieures d'orgue du Conservatoire de Lausanne y met fin en 1985. Il y devient titulaire d'un cours d'enseignement supérieur en 1987. Il organise alors des tournées organologiques dans toute l'Europe pour sa classe du Conservatoire, afin de permettre aux étudiants de se familiariser avec les instruments les plus prestigieux et habituellement inaccessibles. Il organise ainsi deux tournées en Hollande et trois en Allemagne, une en Alsace, une en Bourgogne, plusieurs dans le Midi et à Paris.Le répertoire de Jean-François Vaucher s'étend de la musique ancienne à la musique du XXe siècle et a fait l'objet de divers enregistrements à la radio et sur le disque. Il donne des récitals dans toute l'Europe, ayant toujours refusé, pour différentes raisons, de se rendre aux Etats-Unis. Il siège dans différents jurys de concours romands et internationaux et a fait partie, aux côtés de François Delor, Louis Robillard, Lionel Rogg et Pierre Segond, de la Commission d'experts chargée de la reconstruction du grand orgue du Victoria Hall de Genève en 1993. Il est, par ailleurs, le concepteur de la composition du grand orgue de Saint-François, restauré et reconstruit en 1995 et a présidé durant vingt ans l'Association des Concerts de Saint-François, depuis sa fondation en 1985.
Jean-François Vaucher forme un duo orgue et piano avec Christian Favre. Il a transmis en 2012 les orgues de Saint-François à son élève Benjamin Righetti. Il vit actuellement à Lausanne.

sites et références mentionnés; Pâris, Alain, Dictionnaire des interprètes, Paris, Robert Laffont, 2004, p. 904; Chenal, Matthieu, "La jeunesse s'empare des orgues de Saint-François", 24 Heures, 2012/05/25, p. 33; de Louit, Paul, "Mazeppa. Orpheus. Tasso. Christian Favre/ Jean-François Vaucher", 2011/11/25, p. 90, 91; "Une musique sans frontières", Le Progrès, 2001/08/12; "Un orgue unique au monde", 24 Heures, 2012/05/25, p. 33. [BCUL/MU/bgc/2013/07/30]

Entretien avec Jean-François Vaucher, organiste : A propos du Bicentenaire des Orgues de l'Eglise Saint-François à Lausanne.Date: 14.10.1977Int./Part.: Vaucher, Jean-François; Perrin, Pierre.Emission: Production propreMinutage: 00:17:27
Entretien avec Jean-François Vaucher et André Luy, organistes : A l'occasion de l'inauguration des 3 orgues du Conservatoire de Lausanne.Date: 08.03.1991Int./Part.: Vaucher, Jean-François; Luy, André; Amann, Jean-Pierre.Emission: Magazine de la musiqueMinutage: 00:21:41
Jean-François Vaucher, organiste.Date: 05.04.1996Int./Part.: Vaucher, Jean-François; Gorjat, Pierre.Emission: Carnet de notesMinutage: 00:59:10