De 1988 à 1991, il est délégué du gouvernement vaudois pour l’organisation du 700e anniversaire de la Confédération. En 1995, il prend la
direction de l’ECAL, Ecole cantonale d’arts de Lausanne, poste qu'il occupe jusqu'en 2011. En quelques années Pierre Keller conduit cette école parmi les cinq meilleures Hautes écoles d’art européennes, exposant le travail de ses étudiants notamment à Londres, Milan, Paris, Pékin ou New York. De 2000 à 2002, il préside la conférence des directeurs des Hautes écoles suisses d’Art et de Design. Il est membre du Comité directeur de la HES – SO depuis 2002. En 2004, il est nommé professeur titulaire à l'Ecole polytechnique fédérale de Lausanne. Passionné de musique, Pierre Keller siège également au Conseil de Fondation du Montreux Jazz Festival.
En 2009, il reçoit le Prix de Lausanne, institué en 1964, ce prix est décerné tous les trois ans à une personnalité qui a fait œuvre de création originale et qui a illustré Lausanne ou le canton de Vaud dans le domaine des arts, de la culture ou des sciences. En 2011, le Conseil d'Etat nomme Pierre Keller président de l'Office des vins vaudois, poste qu'il occupe jusqu'au 31 décembre 2018. En avril 2019, pour la première fois, Pierre Keller expose une partie de sa collection au Musée Jenisch de Vevey. Intitulée
Friends, etc. celle-ci se compose de 225 œuvres exposées représentant les nombreuses amitiés que l’enfant de Gilly a nouées avec des artistes de tous horizons.