Fils de François Auberson, un paysan vaudois très simple, et de Armande Giraudet, une orpheline d'origine bretonne, Jean-Marie Auberson est né le 2 mai 1920 à Chavornay . Dès l'âge de 4 ans, il se tourne spontanément vers le violon. Il fait preuve d'un don exceptionnel et commence à étudier la musique dès l'âge de 6 ans. Aîné de deux garçons, il quitte tôt le domicile familial pour devenir chevrier au Tessin, puis liftier au Beau-Rivage Palace à Lausanne. Un client l'entend jouer et lui offre une année de formation au Conservatoire, où il étudiera le violon avec Victor Desarzens. C'est au Conservatoire que le violoniste rencontre Antoinette Moulin, une musicienne et pianiste de talent, qu'il épousera quelques années plus tard. Jean-Marie Auberson obtient en 1943 un Certificat d'enseignement du violon. À Lausanne, il étudie aussi l'alto avec Alfred Pochon et les branches théoriques avec Alexandre Denéréaz et Aloÿs Fornerod.

En 1943, Jean-Marie Auberson intègre l'Orchestre de chambre de Lausanne (OCL) en tant que violoniste et altiste puis, trois ans plus tard, rejoint l'Orchestre de la Suisse romande (OSR) comme altiste. Il continue sa formation en suivant plusieurs cours de direction musicale et de musique de chambre à l'Accademia Chigiana à Sienne avec le professeur Van Kempen. En 1950, il part à Vienne étudier l'opéra, puis à Cologne pour approfondir la direction d'orchestre avec Günter Wand à la Musikhochschule. Jean-Marie Auberson revient en Suisse en 1951, où il occupe la place d'altiste et de second chef de l'OCL durant 5 ans. Ernest Ansermet et Carl Schuricht reconnaissent le talent du musicien et acceptent de poursuivre sa formation. Dès 1956, Jean-Marie Auberson est tour à tour chef de la Radio-Beromünster, chef à l'Orchestre de Saint-Gall, puis, en 1968, chef de l'Opéra de Hambourg à la demande de Rolf Liebermann. De plus, dès 1962, il fait partie du comité du Concours international d'exécution musicale de Genève. De 1984 à 1986, il dirige la Sinfonietta de Bâle. Il donne de nombreux concerts tant en Suisse qu'à l'étranger et inscrit de nombreuses œuvres suisses et contemporaines à ses programmes. On lui doit plusieurs créations dont l'opéra Faits divers (1960) de Julien-François Zbinden, Pâris (1964) de Jean Daetwyler, le ballet Oceano-Nox (1967) d'Henri Sauguet, le Concerto pour piano (1972) d'Alberto Ginastera et La folie de Tristan (1980) d'Armin Schibler.
C'est dans une ferme à Epalinges que le musicien et chef d'orchestre Jean-Marie Auberson s'occupe avec sa femme Antoinette (fille de Robert Moulin) de leurs trois enfants qui ont grandi dans un milieu marqué par la musique. L'empreinte musicale des parents se perçoit d'ailleurs dans leur parcours respectif: Pascal Auberson est chanteur et pianiste, Audrey Michaël est chanteuse classique et Antoine Auberson est percussionniste, saxophoniste et compositeur. Jean-Marie Auberson a encouragé de nombreux jeunes musiciens. Il a aussi assumé la tâche d’expert général du Conservatoire de Lausanne dans les années 1980-1985. Cependant, sa relation avec sa femme le pousse à quitter Lausanne. Il s'établit donc à Draguignan, dans le sud de la France. C'est dans cette région qu'il passera la fin de ses jours. Il y décède le dimanche 4 juillet 2004 des suites d'une longue maladie. Par son investissement, son ouverture d'esprit, sa passion et sa manière très vivante de diriger, ce chef d'orchestre aussi talentueux qu'anticonformiste a participé à la culture de son pays.

Anna Lietti, Filiations, des personnalités racontent leur histoire familiale, Lausanne, L'Aire, 2002, p. 37-42 avec photographie; 24 Heures, 2004/07/05, p. 9 avec photographie, 2004/07/08, p. 17 ; La Gazette de Lausanne, 1988/11/10, p.17; Le Nouveau Quotidien, 1993/12/27, p.18; Le Temps, 2004/07/05; Dictionnaire des musiciens suisses, Zurich, Atlantis Verlag, 1964, p.32; "Notre interview: Jean-Marie Auberson (interview et portrait photographique)" in: Revue musicale de Suisse romande, Lausanne, 1964, n°2, p.12-14 #bnf ; Cent suisses#bnf [BCULMU06/BCUL/MU/mm/2011/12]

Interview de Jean-Marie Auberson, chef d'orchestreDate: 29.11.1983Int./Part.: Auberson, Jean-Marie; Bofford, Jacques; Lehmann, Jean-Luc; Décotte, AlexEmission: ProfilMinutage: 00:56:24
Jean-Marie Auberson, chef d'orchestre : Souvenirs autobiographiques lus par Gilles CaramanDate: 25.09.1988Auteurs: Auberson, Jean-MarieInt./Part.: Caraman, GillesEmission: Croissants sont meilleurs le dimancheMinutage: 00:48:14
Hommage à Jean-Marie Auberson, chef d'orchestreDate: 05.07.2004Int./Part.: Monot, Jean-François; Meyer, Brigitte; Barrelet, Alexandre; Auberson, Jean-Marie; Roch, François AchilleEmission: Dare-DareMinutage: 00:12:07

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