Notre travail d’étude porte sur l’enseignement des sciences et plus particulièrement sur le rôle et l’autonomie des élèves dans leurs apprentissages. Dans notre recherche, nous allons nous concentrer, plus précisément, sur la manière dont les élèves construisent leur référent empirique et passent d’une pensée quotidienne à une pensée plus scientifique. De ce fait, notre question de recherche est la suivante : de quelle manière la micro-institutionnalisation des connaissances et la multi-modalité des ressources, tant didactiques (gestes professionnels adaptés) que liées aux supports proposés aux élèves, permettent aux élèves de construire leur référent empirique tout en favorisant l’autonomie de chacun dans la construction du savoir scientifique ? Pour y répondre, nous avons planifié une séquence d’enseignement dans une classe de 8ème année sur le thème de la respiration. L’objectif étant d’observer et d’analyser la respiration lors d’un cours d’éducation physique pour ensuite aborder ce sujet avec un regard plus scientifique lors des cours de sciences. En mettant en évidence cet objet du quotidien, l’enseignant peut obtenir les conceptions initiales des élèves et partir de ces dernières pour organiser la suite des séances et de la démarche scientifique.