Cette recherche propose une méthode de transposition didactique d’une question socialement vive ; les effets des polluants chimiques du système agroalimentaire sur la santé. Ce thème se rapporte à la matrice disciplinaire de deux nouvelles disciplines scientifiques de référence, l’éco-épidémiologie et l’écotoxicologie. Ainsi la question de la légitimité de ces savoirs se pose. De plus, il s’agit d’une thématique transdisciplinaire, entre médecine et écologie, entre sciences naturelles et humaines. Nous présentons notre démarche dans la perceptive de l’éducation au développement durable et à la santé. La mobilisation du concept de représentations sociales est inévitable dans ce contexte. Dans cette optique, l’analyse d’un questionnaire distribué aux élèves en début de séquence d’enseignement constitue un élément déclencheur intéressant. Cette recherche, et la mise en place de la séquence d’enseignement la permettant, ont eu pour cadre un stage en responsabilité en géographie au Gymnase de Burier (VD). Elle fait suite à un projet individuel de formation interdisciplinaire (MSPRO35), réalisé durant l’année 2013/2014 qui présente en détail le champ disciplinaire et les savoirs savants de référence de cette thématique. En conformité avec une approche socioconstructiviste, la mise en place en classe du travail par équipe et d’un dispositif de débat nous a semblé adéquate pour atteindre notre objectif de transposition didactique. Le questionnaire a été soumis une nouvelle fois aux élèves en fin de séquence. La comparaison de leurs réponses entre le début et la fin de la séquence permet une vérification des acquis et d’une éventuelle évolution des représentations chez les élèves ainsi qu’une évaluation de l’efficacité de la méthode d’enseignement proposée. Les résultats sont encourageants et permettent la visualisation de plusieurs pistes d’améliorations et de développements futurs.